Il est né le 18 janvier 1971 à Bakersfield (Californie) où son père, d'origine irlandaise, tenait un magasin de musique. Son demi frère, Mark Chavez, est un ex-chanteur d'adema. Son enfance a par ailleurs été très tourmentée : il sera violé très jeune[réf. nécessaire] et lorsqu'il en parlera à ses parents ils ne le croiront pas, car ils pensaient que "ce genre de chose ne pouvait pas arriver à leur fils". Puis ses parents divorcent et son père se remarie avec une femme qui le haïssait. Dans la chanson intitulée "Kill You" de l'album "Life Is Peachy", Jonathan Davis parle de cette femme, il dit que la nuit il rêvait qu'il la tuait. Le nouveau compagnon de sa mère, catholique intégriste, le frappe[réf. nécessaire]. La chanson nommée "Falling Away From Me" de l'album "Issues" fait référence à cet homme.
